Mallén se emplaza en el extremo occidental de la provincia de Zaragoza, a 57 kilómetros de la capital. Es el segundo pueblo en número de habitantes, de la Comarca de Campo de Borja.
Dentro de sus límites cruza la autopista vasco-aragonesa, la línea férrea Castejón-Zaragoza, cuya estación más próxima está en Cortes (Navarra), la carretera nacional N-232 de Vinaroz-Santander, y la comarcal de Cortes a Borja; También pasan el gaseoducto y los canales de Lodosa e Imperial de Aragón. (adjuntamos mapa con distancias a las principales ciudades)
El término municipal de Mallén es estrecho y alargado y tiene una superficie de 37,42 km2; limita con los términos de Ablitas y Cortes de la provincia de Navarra, y con los de Novillas, Gallur, Magallón, Bisimbre, Fréscano y Borja de la provincia de Zaragoza.
Mallén está situado a 285 m de altitud sobre el nivel del mar.
El relieve, dentro de los límites del término de Mallén, se caracteriza por montecillos de escasa altura, como el monte de la Horca. El pueblo está situado alrededor de un monte llamado El Castillo.
El río más cercano es el Huecha, afluente del Ebro en la margen derecha; nace en Añón, en la falda del Moncayo, de donde proceden sus aguas; tras 45 km de recorrido, desemboca en el Ebro, a la altura de a 8 km de Mallén.